Depois de ano derrotando alienígenas graças ao poder do Omnitrix Ben agora possui a certeza que consegue destruí-los com as mãos nuas. Sem se transformar em nenhum alienígena e utilizando apenas socos, chutes e defesas você deverá enfrentar vários rounds contra seus inimigos. Avançando de estágio você irá enfrentar inimigos cada vez mais fortes que deverão estar de acordo com suas habilidades naquele momento do jogo. Vença todos os alienígenas e reconquiste a galáxia.